裸子植物发生发展的历史悠久,最初的裸子植物出现约在34500万年前至39500万年之间的古生代泥盆纪,历经古生代的石炭纪、二叠纪,中生代的三叠纪、株罗纪、白至纪,新生代的第三纪、第四纪。从裸子植物发生到现在,地史气候经过多次重大变化,裸子植物种系也随之多次演变更替,老的种类相继灭绝,新的种类陆续演化出来,种类演替繁衍至今。现代的裸子植物有不少种类是从约250万年前至6500万年之间的新生代第三纪出现的,又经过第四纪冰川时期保留下来,繁衍至今。
裸子植物虽然具有许多共同的特征,但在系统发育过程中,这些特征也相应地起了变化。营养体的次生生长由微弱到强化,茎干由不分支到多分支。孢子叶由散生到聚生成各式孢子叶球,大孢子叶逐渐特化,雄配子体由吸器发展为花粉管,雄配子由游动精子到无鞭毛的精核,颈卵器退化、简化到无等等,这以系列的发展变化都是和系统演化密切相关。尤其是生殖器官的演化,使裸子植物有可能更完善地适应陆生条件而达到较高的系统发育水平。
裸子植物既是种子植物,又是颈卵器植物,是介于蕨类植物与被子植物之间的一群高等植物,它们无疑地是从蕨类植物演化而来的。
现代的苏铁和银杏等裸子植物的原始类型,具有多数鞭毛的游动精子,加强了裸子植物起源于蕨类植物的论点,而从大型叶、厚囊型孢子囊及异型孢子等特征看来,裸子植物不大可能起源于石松植物,也不大可能来自于现代异型孢子的薄囊蕨类,而很可能是起源于异型孢子蕨类的古代原始类群。因此,在中泥盆纪地层出现的原始蕨类唯一的具有异型孢子的古蕨属(Archaeopteris),就很可能是裸子植物的远祖。
古蕨属虽是具异型孢子和异型孢子囊的原始蕨类植物,但还没有胚珠,更没有形成种子,大概是原始蕨类向着原始的裸子植物演进的低级过渡类型,而在上泥盆纪出现的种子蕨,或称为蕨状裸子植物,虽还没有真正的种子,但却具有胚珠,它们占据着真正蕨类和裸子植物之间的高级过渡类型。