黄酮类及双黄酮类在裸子植物中普遍存在,双黄酮除蕨类植物外很少发现,可以说是裸子植物的特征性成分,也是活性成分。常见的黄酮类有槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、芸香甙(rutin)、杨梅树皮素(myrcene)等。双黄酮类多分布在银杏科、柏科、杉科,如柏科植物含柏双黄酮(cupressuflavone),杉科和柏科含扁柏双黄酮(hinokiflavone),特别是穗花杉双黄酮(amentoflavone)在裸子植物中分布最普遍。银杏叶中含银杏双黄酮(ginkgetin)、异银杏双黄酮(isoginkgetin)、去甲银杏双黄酮(bilobetin)。银杏叶总黄酮制剂用于治疗冠心病。
生物碱在裸子植物中分布不普遍,现知的仅存于三尖杉科、红豆杉科、罗汉松科、麻黄科及买麻藤科。三尖杉属(Cephalotaxus)植物含多种生物碱,现已分离出20多种生物碱,其中粗榧碱类(cephalotaxine type alkaloids)有12种,高刺桐碱类(homoerythrina type alkaloids)有9种。经动物试验,酯型生物碱有抗癌活性,如三尖杉酯碱(harringtonine)、高三尖杉酯碱(homoharrgtonine),临床上用于治白血病。紫杉醇(tax01)对卵巢癌、乳腺癌、子宫颈癌等有抑制作用。麻黄属(Ephedra)植物多含有麻黄碱类生物碱(Ephedra alkaloids),如左旋麻黄碱(l-ephedrine)、右旋伪麻黄碱(d-pseudoephedrine)。麻黄碱用于治支气管哮喘、鼻粘膜充血引起的鼻塞。伪麻黄碱对平滑肌的解痉作用和麻黄碱相似。
金钱松根皮含有土模皮酸有抗真菌作用,用治脚癣、湿疹、神经性皮炎。