本馆由已故的庄灿炀教授创于1961年(时任本所助理研究员),主要搜藏台湾(含附属岛屿)及东亚维管束植物。特殊的搜藏有菊科、秋海棠科、鸭跖草科、珍珠菜属(报春花科)、细辛属(马兜铃科)、魔芋属(天南星科)、茜草科、地锦属(大戟科)及茶科。蕨类方面有王弼昭先生所采集的10,000多张标本。2000年初朱宇敏博士加入植物所,本馆即开始真菌类标本之搜藏。截至2006年1月为止,已鉴定且编号的搜藏标本有110,000余号,等待交换之复份标本约70,000多张。平均每年增加约5,000号的标本。本馆与世界约30所学术机构交换复份标本,以换取东亚(特别是大陆及日本)植物为重点。目前交换对象除国内各大学及植物研究机构外,遍及亚洲各国、美国、英国及荷兰之主要大学、植物标本馆、博物馆与植物园等。
自1995年起在中央研究院计算中心的协助下,本馆研究搜藏之成果已公布于全球网际网络,为台湾第一个开放于网络上的数据库(有35,000多号标本)。中央研究院植物研究所一直持续进行全岛采集调查,重点涵盖特殊地质地区,即将面临开发地区,鲜少采集地区,并做季节性的定期采集。本馆标本制作严谨,每份标本的卷标皆有完整的信息。