标本馆历史中研院植物所标本馆由已故的庄灿炀教授创于1961年(时任本所助理研究员)。次年庄先生赴美深造,所有相关业务旋告停顿。1982年底,彭镜毅博士恢复运作,并以HAST代号(Herbarium,InstituteofBotany,AcademiaSinica,Taipei)申请登录于国际标本馆索引(IndexHerbariorum)。彭博士于1995至1999年兼任标本馆主任;1999年8月至2003年6月由赵淑妙研究员兼任;2003年6月6日起再由彭镜毅博士兼任。标本馆现况本馆主要搜藏台湾(含附属岛屿)及东亚维管束植物。特殊的搜藏有菊科、秋海棠科、鸭跖草科、珍珠菜属(报春花科)、细辛属(马兜铃科)、魔芋属(天南星科)、茜草科、地锦属(大戟科)及茶科。蕨类方面有王弼昭先生所采集的10,000多张标本。2000年初朱宇敏博士加入植物所,本馆即开始真菌类标本之搜藏。
截至2006年10月为止,已鉴定且编号的搜藏标本有113,400余号,等待交换之复份标本约70,000多张。平均每年增加约5,000号的标本。
本馆与世界约30所学术机构交换复份标本,以换取东亚(特别是大陆及日本)植物为重点。目前交换对象除国内各大学及植物研究机构外,遍及亚洲各国、美国、英国及荷兰之主要大学、植物标本馆、博物馆与植物园等。
自1992年起,本馆得到中央研究院植物研究所及行政院农业委员会支持,由彭镜毅博士研究室及标本馆同仁执行「台湾植物资源调查及数据库建立」计划。目的是建立台湾植物普查数据,提升本土植物种原保护,搜集环境影响评估之数据,并建立数据库于因特网。
自1995年起在中央研究院计算中心的协助下,本馆研究搜藏之成果已公布于全球因特网,为台湾第一个开放于网络上的数据库(有35,000多号标本)。彭镜毅研究员于1996年编辑出版之「台湾维管束植物编码索引」(农委会赞助)也置于该网站。
中央研究院植物研究所一直持续进行全岛采集调查,重点涵盖特殊地质地区,即将面临开发地区,鲜少采集地区,并做季节性的定期采集。本馆标本制作严谨,每份标本的卷标皆有完整的信息。本馆资源已获得国内外植物学界的重视,累计约有3650人次参观、研阅或来函借览。社会服务近年来本馆已开放给中小学生及社会人士参观研习,增进国人对植物标本制作,标本馆功能、运作与搜藏的认识。若有参观或研习的需求,请在一个月前预约。